Une « affection de longue durée » est une maladie grave ou chronique qui nécessite une interruption de travail ou des soins prolongés. Certaines nécessitent des thérapeutiques particulièrement coûteuses et ouvrent droit au remboursement à 100 % des soins et traitements, d’autres non. Mais toutes justifient une indemnisation prolongée des arrêts de travail. Ainsi les personnes atteintes d’une affection de longue durée (ALD), sous réserve de certaines conditions administratives, peuvent bénéficier d’indemnités journalières pendant une durée de 3 ans, de date à date alors que, pour d’autres pathologies, les assurés ont droit à 360 indemnités journalières seulement par période de 3 ans.

Au terme de cette période de 3 ans calculée de date à date, les salariés doivent avoir repris le travail pendant une durée continue d’au moins 1 an pour pouvoir bénéficier à nouveau d’indemnités journalières en cas de nouvel arrêt de travail en lien avec la même ALD.

Dans le cas de pathologies évolutives, notamment lorsque les personnes alternent les périodes travaillées et non travaillées, ces règles peuvent apparaître inadaptées. En effet, un salarié en ALD peut n’avoir eu que quelques mois d’arrêt de travail durant la période de 3 ans, soit moins que dans certaines affections hors ALD. C’est ce que reconnaît la ministre des Affaires sociales, de la Santé et des Droits des femmes dans une réponse ministérielle publiée le 30 juin 2015. Elle rappelle que certaines adaptations sont cependant intervenues récemment.

Ainsi, les assurés en ALD peuvent bénéficier d’un arrêt de travail à temps partiel pour motif thérapeutique même s’ils n’ont pas fait l’objet au préalable d’un arrêt à temps complet pour le même motif. Ce faisant, l’activité partiellement maintenue sera retenue pour vérifier la condition minimale d’exercice d’activité pour se reconstituer des droits aux indemnités journalières.

Par ailleurs, les assurés ayant bénéficié de moins de 360 jours d’IJ (que ce soit au titre de leur ALD ou hors ALD) au cours de la période d’indemnisation de 3 ans, peuvent bénéficier, au cours de l’année qui suit cette période de 3 ans, du versement d’IJ dans la limite du différentiel entre 360 et le nombre d’IJ effectivement perçues pendant la période de 3 ans.